Czóbel Béla portréit, aktjait tájképeit, csendéleteit és enteriőrjeit egy sajátos, mélyről sugárzó színvilág jellemzi. A múzeum kamratermében a Szentendrei Festők Társasága nyolc alapító tagjának műveiből látható válogatás, bemutatva azt a kiindulópontot, amelyből a mára valamennyi modern művészeti irányt felmutató szentendrei festészet ágazott el.

A múzeum 1975-ben, még a művész életében nyílt meg. Az 1900-as évek elejétől a Párizsban, Hollandiában és Berlinben egyaránt sikeres művész, a világpolgár Czóbel Béla élete az 1930-as évek közepétől kapcsolódik Szentendréhez. A II. világháború után a teleket Párizsban, a nyarakat Szentendrén töltötte feleségével, Modok Mária festőművésszel. A gyűjtemény megnyitására Czóbel nagyrészt Szentendrén készült, időskori műveit adta át, de a gyűjteménygyarapítás ma már lehetővé teszi, hogy az állandó kiállítás Czóbel Béla 74 évet átívelő, teljes alkotói életútját bemutassa a nagybányai tanulmányoktól a modern festészeti irányzatokba (a francia Vadak és a német expresszionista Die Brücke csoportokba) történt bekapcsolódásán át a tobzódó színekkel festett időskori képekig. A múzeumban a Czóbel művek mellett kamara-kiállítás mutatja be Modok Mária festményeit is.

Ilosvai Varga István, egykor Nagybányán kezdő festőművész 1932-től haláláig, 1978-ig alkotott Szentendrén, a 40-es években itt találta meg jellegzetes egyéni kifejezésmódját. A városrészleteket és az itt élő embereket megörökítő lírai konstruktív festményein a szigorúan felépített szerkezet feloldódik a színek gazdag harmóniájában.

A Czóbel Múzeum régi időszakos kiállítótermében található meg az Ilosvai Varga István festőművész özvegye által a Ferenczy Múzeumnak adományozott hagyatékból rendezett állandó kiállítás is.